Το Μουσείο βρίσκεται στον αρχαιολογικό χώρο της αρχαίας πόλης Αμφίπολης, η οποία αρχαία πόλη ήταν η αξιολογότερη της περιοχής κατά τον 5ο π.Χ. αιώνα. Από την εποχή του Θησέα ονομάζεται «Εννέα Οδοί». Το Μουσείο στεγάζει μνημεία της ιστορίας της και του πολιτισμού των αρχαίων και χριστιανικών χρόνων. Στους εκθεσιακούς χώρους του συνοψίζεται η πολιτιστική ιστορία της Αμφίπολης από τους προϊστορικούς ως τους ύστερους βυζαντινούς χρόνους. Το σημείο που είναι τώρα το Μουσείο, πιθανολογείται ότι συνδέεται με το στρατηγό Βρασίδα, ο οποίος τάφηκε εκτός των τειχών από τους Αμφιπολίτες το 422 π.Χ.
Στο εσωτερικό του Μουσείου της Αμφίπολης υπαρχουν μνημεία της ιστορίας και του πολιτισμού της πόλης, κτερίσματα που δίνουν το στίγμα μιας μακρινής στο βάθος του χρόνου καθημερινότητας, αποτυπώνουν συνήθειες, ήθη, έθιμα, οικονομία, όλες εκείνες τις συνθήκες διαβίωσης που ορίζουν τη λειτουργία μιας κοινωνίας. Μιας κοινωνίας, στην προκειμένη περίπτωση, άρτια δομημένης και λειτουργικής έτσι όπως ορίζεται σε κάθε εποχή από την πρόοδο και την ακμή.
Το Μουσείο ήδη από μόνο του έχει να μιλήσει για τη δική του ιστορία ύπαρξης. Η έμπνευση αλλά και το μέλημα της υλοποίησης ενός χώρου όπου θα στεγαζόταν η πλούσια ιστορία αυτού του τόσο σημαντικού αστικού κέντρου της Μακεδονίας, ανήκει σε μία μορφή της ελληνικής Αρχαιολογίας, τον Δημήτριο Λαζαρίδη. Υπό την δική του καθοδήγηση, αρχικά ως εφόρου αρχαιοτήτων της Ανατολικής Μακεδονίας και στη συνέχεια ως γενικού επιθεωρητή αρχαιοτήτων, το Μουσείο άρχισε να χτίζεται το 1976, διακόπηκε ένα χρόνο μετά για να ξαναρχίσει το 1984 και να ολοκληρωθεί το 1995. Μικρό αλλά με πολύ καλή αισθητική αποτελεί σήμερα ένα «κόσμημα» και έναν σημαντικό πλούτο για το γραφικό χωριό της νέας Αμφίπολης και φυσικά για τον Νομό Σερρών.
Η «βόλτα» στην αρχαιότητα αρχίζει με χρονολογική σειρά. Σύντομες «σελίδες» ιστορίας της κάθε περιόδου, αναρτημένες στους τοίχους ανοίγουν παράθυρα γνώσης και πλαισιώνουν την εικόνα των εκθεμάτων. Προϊστορικοί, Πρώιμοι ιστορικοί, Κλασικοί και Ελληνιστικοί χρόνοι, (με τα Ιερά, τη Δημόσια και ιδιωτική ζωή, τα Νεκροταφεία), Ρωμαϊκοί, Παλαιοχριστιανικοί, και Βυζαντινοί, είναι ενότητες που ξετυλίγονται για τον επισκέπτη μέσα από σκεύη καθημερινής χρήσεως, όπως οι υπέροχοι αμφορείς, νομίσματα, εντυπωσιακά κοσμήματα, αγάλματα και φυσικά ψηφιδωτά μεγάλης καλλιτεχνικής αξίας. Τα εκθέματα προέρχονται κυρίως από τις ανασκαφές της δεκαετίας του 1960-1970.
Το Μουσείο αναπτύσσει, παράλληλα με διάφορα πολιτιστικά προγράμματα ορισμένα εκ των οποίων εντάσσονται στο εκπαιδευτικό πρόγραμμα ΜΕΛΙΝΑ, και πολλές συνεργασίες με ξένους ερευνητές που ενδιαφέρονται για τις ανασκαφές και τα αρχαιολογικά ευρήματα της περιοχής. Τους καλοκαιρινούς μήνες προσφέρει φιλοξενία σε πολλούς από αυτούς αλλά και σε φοιτητές διεθνών πανεπιστημίων που διεξάγουν μελέτες για τις διδακτορικές τους.
Congratulation!